Médico cristão-novo de Portalegre, terá nascido no ano de 1520, filho de Jorge Gomes e de Violante Gomes, ambos naturais e residentes na cidade alentejana de Portalegre.
Teve dois irmãos, Gaspar Gomes que partiu para terras brasileiras e Diogo Gomes, que vivia na quinta do Vale de Mourelos, perto de Almada, bem como três irmãs, Isabel Gomes, Ana Gomes e Violante Mendes.
Estudou em Évora, iniciando a sua formação na gramática, latim e grego, posteriormente vai para Salamanca, onde terminou o curso de medicina.
Em Portalegre começou a sua carreira de clínico, casou com Clara Lopes, natural de Castelo Branco e tiveram dois filhos.
Depois de algumas peripécias pessoais, algumas delas muito pouco abonatórias, Garcia Lopes resolve deixar a família e veio para junto do seu irmão Diogo, que vivia em Almada, ambos, daqui partiram para França e para Antuérpia, onde irá permanecer dois anos.
Para trás deixou quase treze anos de clínica na região do Alto Alentejo. Em terras de Flandres, conviveu com cristãos-novos portugueses residentes no território, como os irmãos do médico Tomás Rodrigues da Veiga, Jácome de Olivares e Pero Faria (perito em língua hebraica), Francisco Fernandes e Fernão Galindo.
Antes de regressar a Portugal, publicou em 1564 o livro "Commentarii da Varia Rei Medicae Lectione". Já no país é preso por dívidas, ficando dois anos no calabouço. Libertado, pouco tempo depois é novamente detido, agora a contas com o Santo Ofício, devido há denúncia de uma prima sua, Inês Lopes, que publicamente divulgou que ele e toda a família continuavam a ser secretamente judeus convictos, e que só ela (Inês), se havia convertido por autêntica fé à religião católica.
Preso pela Inquisição de Évora, o médico fez o que muitos na sua situação fizeram, denunciou amigos e conhecidos, alguns deles seus companheiros do calabouço, e tentou persuadir outros, a denunciarem falsamente cristãos-novos e velhos, para produzir confusão nos processos acusatórios.
O facto é que em vez de reduzir a condenação, objectivo principal deste enredo sórdido, Garcia Lopes vê o tribunal agravar a pena, condenando o médico alentejano a ser queimado na fogueira, auto de fé que se realizou na praça de Évora no dia 14 de Dezembro de 1572.
Auto de fé no Terreiro do Paço (Lisboa). Ilustração de Miguel Mendonça.