Corria o ano de 1645, e Portugal já tinha entrado em guerra contra os "hereges" holandeses, numa acesa disputa de reconquistar territórios tomados pela Holanda em África, na Ásia, mas sobretudo em terras brasileiras. Após nove anos de conflito, os portugueses ganharam, e no que respeita ao Brasil, a situação dos judeus passou a ser novamente complicada. Em 1654, todos os judeus foram expulsos do território. Muitos cristãos-novos suspeitos de judaizarem foram deportados para Lisboa, julgados pelo Tribunal do Santo Ofício e executados. Seiscentos judeus voltaram para a Holanda e vinte e três deles foram para Nova Amesterdão, futura (Nova Iorque), enquanto outros seguiram rumo até Curaçao.
No Brasil, os cristãos-novos que ficaram (a grande maioria), voltaram a submergir na dor da clandestinidade e no constante receio de ser denunciados, detidos, e enviados para as masmorras em Portugal.